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基因敲除实验流程
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一、引物订购
🛒订购以下两段引物:
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二、PCR获得线性化pCUT骨架
1)第一步: 准备PCR反应体系
备注:
pCUT模版可以为任意一个现有的pCUT载体
2)第二步: 进行如下PCR反应
步骤 | 温度(°C) | 时间 | 备注 |
1 | 95 | 3min | |
2 | 95 | 15s | 35个循环 |
3 | 52 | 15s | |
4 | 72 | 3min | |
5 | 72 | 5min | |
6 | 16 | ∞ |
3)第三步: PCR反应结束后,直接在PCR反应体系中加入1μL的DpnI限制性内切酶(NEB)在37摄氏度下消化30-60分钟
4)第四步: 消化结束后,使用1%的琼脂糖核酸凝胶进行电泳验证
5)第五步: 验证线性化骨架大小正确后,直接进行PCR产物纯化,浓度测定,线性化骨架片段待用
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三、构建双链gRNA片段
1)第一步: 使用CASDesign进行gRNA引物设计
2)第二步: 把gRNA引物稀释到终浓度为10μM的工作浓度
3)第三步: 准备PCR反应体系
4)第四步: 进行如下PCR反应
5)第五步: PCR完成后进行产物纯化,测定浓度,该gRNA片段待用
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四、构建修复DNA片段
第一步: 使用CASDesign进行修复DNA片段引物设计
第二步: 如步骤3,构建修复DNA片段
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五、酿酒酵母转化
第一步: 酵母过夜活化后转接至约50 mL YPD培养基中,初始OD调节至约为0.2
第二步: 30℃ 220rpm培养至OD在0.6-1.0之间
第三步: 将菌液转入无菌离心管中,3000rpm离心5min后弃去YPD培养基
第四步: 重悬于40mL无菌水中,3000rpm离心5min后去上清
第五步: 重悬细胞于10mL 0.1M LiAc中,用微量移液器轻轻混匀,3000rpm离心5min后去上清
第六步: 重悬细胞于400 uL的0.1M LiAc中,轻轻混匀
第七步: 吸取50uL样品加到标记的无菌离心管中,5000rpm,离心60s
第八步: 去除LiAc, 加入240μL 50% PEG3350,混匀后加入36μL 1M LiAc,加入5μL 10mg/mL单链鱼精DNA(100℃煮沸5min后迅速置于冰上)
第九步: 加入步骤3中的gRNA片段DNA(0.1-10ug),步骤4中的修复DNA片段(0.1-10ug),步骤2中的线性化pCUT骨架(约300-500ng),最后加入无菌水至体积为70μL
第十步: 混匀,置30℃保温30 min,置42℃热击25min
第十一步: 5000rpm,60s离心,除去转化液,重悬细胞于1mL无菌水
第十二步: 离心去上清,加入无菌水,涂布在与所用pCUT线性化骨架相应营养缺陷型平板上